系統檔案是可以刪除的，但是某些系統軟件被刪除了，會導致系統崩潰，可以去實體店裏面進行處理。
系統檔案指的是存放操作系統主要檔案的檔案夾，一般在安裝操作系統過程中自動創建並將相關檔案放在對應的檔案夾中，這裏面的檔案直接影響系統的正常執行，多數都不允許隨意改變。它的存在對維護計算機系統的穩定具有重要作用。檔案按照檔案性質和用途分類，可以分爲系統檔案，庫檔案，用戶檔案。系統檔案便是其中之一，屬於檔案的一種。
檔案系統是操作系統用於明確磁盤或分區上的檔案的方法和數據結構；即在磁盤上組織檔案的方法。也指用於存儲檔案的磁盤或分區，或檔案系統種類。因此，可以說"我有2個檔案系統"意思是他有2個分區，一個存檔案，或他用“擴展檔案系統”，意思是檔案系統的種類。
