NTFS與FAT是兩種不同的磁碟檔案系統格式，就像兩個不同的圖書館，他們書架的擺放，尺寸各不相同，管理方式也各不相同。
1、支援分割槽大小不一樣
NTFS可以支援的分割槽（如果採用動態磁碟則稱為卷）大小可以達到2TB（2048GB），而Windows 2000中的FAT32支援分割槽的大小最大為32GB。
2、針對電腦使用者的加密方式不一樣
可以針對電腦使用者對該格式下所有的資料夾、檔案進行加密、修改、執行、讀取目錄及寫入許可權的設定。此外，在磁碟分割槽下任意資料夾或檔案上右鍵屬性，在高階屬性視窗中勾選中加密內容以便保護資料即可做到加密。
FAT32檔案安全設定：不支援；NTFS檔案安全設定：支援。
3、對於磁碟的空間利用率不一樣
在一臺電腦有多個使用者使用時，而作為系統管理員，可以給使用者設定不同的磁碟空間容量，被設定使用者只能使用這個被限額的磁碟空間。
在Windows2000的FAT32檔案系統的情況下，分割槽大小在2GB到8GB時簇的大小為4KB；分割槽大小在8GB到16GB時簇的大小為8KB；分割槽大小在16GB到32GB時，簇的大小則達到了16KB。
而Win 2000的NTFS檔案系統，當分割槽的大小在2GB以下時，簇的大小都比相應的FAT32簇小；當分割槽的大小在2GB以上時（2G到2TB），簇的大小都為4KB。
相比之下，NTFS可以比FAT更有效地管理磁碟空間，最大限度地避免了磁碟空間的浪費。
