超级计算机的作用很多，功能强大。主要应用的领域有：
1、气候预测。借助超级计算机预测气候变化，从而减轻气候变化给人类带来的破坏。
2、交通业。超级计算机可用来认识和改进汽车、飞机或轮船等交通工具的空气流体动力学、燃料消耗、结构设计、防撞性，并帮助提高乘坐者舒适度、减少噪音等，所有这些都具有潜在的经济和安全收益。
3、生物信息学和计算生物学。生物学已经显示出巨大的计算需求，超级计算机将帮助寻找疾病治疗的革命性方法。
4、社会健康与安全。比如，污染、灾难规划以及针对本地和国家基础设施进行的恐怖主义活动等。
5、地震。对地震的模拟能帮助专人类探索地震预测方法，从而减轻与地震相关的风险。
6、地球物理探测和地球科学。比如石油的勘测问题，这类问题具有潜在和巨大的经济效益。
7、天体物理学。模拟时间进程并加速这种模拟的进程，从而对天体的演变进行建模和理论试验。
8、材料科学与计算纳米技术。对物质和能量的模拟是计算密集型的。
9、人类或者组织系统研究。比如对大量人口的行为进行模拟。
10、模拟核试属验。借助于超级计算机的强大而且快速的运算能力，在实验室实施的亚临界核试验，与真正核试爆的效果是相同的。
