破坏楼顶防水层安装光伏发电系统的支架需要在楼顶打孔，钻孔后会破坏房屋防水层，若没有重新做防水层，下雨就会漏水。防水的工艺要求很高，若太厚会影响安装，太薄则没有效果。第二次防水效果差于第一次，增加了漏水的可能性。安全问题支架安装不稳，刮台风了就有板子被刮下来砸到人的风险。会损坏屋顶结构阳能光伏发电设备过大的重量会对楼顶结构产生影响，尤其是老房子，容易损坏屋顶。
