1、武器专业,国家一级学科;2、计算机专业,国家二级学科;3、自动化专业,2006年排在清华后面,位居全国第二;4、通信专业,排名不详,是南京理工大学最好、最热门的专业;5、机械工程专业,全国40左右,省级学科;6、应用化学专业,国家二级学科。