区别一：
个人自主缴存公积金只在某些地区可以，许多地区住屋公积金管理中心还没出具个人自主缴存公积金政策；而单位缴存公积金具有普适性。
区别二：
单位缴存公积金是职工和单位各按一定比例缴存的住屋储金，缴存基数是职工上一年度（自然年度）月平均工资，职工个人缴存的住屋公积金以及单位为其缴存的住屋公积金，实行专户存储，归职工个人所有；而个人自主缴存公积金需要自己按一定比例缴存。
区别三：
个人自主缴存公积金需要自己去缴存地住屋公积金管理中心缴纳；而单位缴存公积金会有公司专门的经办人去公司当地住屋公积金管理中心缴纳。
